Lorsque Squall entre dans le Seed, il est invité à un bal en l'honneur des nouveaux membres, c'est à ce moment qu'il fait la connaissance de Linoa. Squall revoit Linoa quelques temps après, et découvre qu'elle se trouve être le chef des Hiboux de la Forêt, une organisation de rebellion contre la nation de Galbadia. Après avoir rencontré Linoa, Squall a un étrange rêve dans lequel il se retrouve dans la peau de Laguna Loire, un soldat Galbadien. Dans ce rêve, Laguna est en mission avec Kiros et Ward(ses compagnons). Squall découvrira bientôt que ce Laguna et lui ont quelque chose en commun. Pendant ce temps, Galbadia a envahi son voisin, Dollet, et a déclaré la guerre au reste du monde. Etant donné que la prêtresse Edea se trouverait impliquée dans les récentes actions Galbadiennes, Squall est envoyé afin de la tuer. Les choses se compliquent lorsque Seifer (rival de Squall depuis toujours) apparaît aux côtés d'Edea. Les deux loyaux bras droits de Seifer, Raijin et Fujin, rendront également la mission de Squall quelque peu plus compliquée. Squall et ses camarades essayeront de démêler une intrigue complexe qui les mènera à travers l'espace et le temps : leur adversaire étant une puissance diabolique venue du futur.