Ces vingt dernières années, Galbadia, Balamb et les continents voisins ont vécu en paix. Et les trois prestigieuses académies militaires, les Gardens, ont formé des générations de combattants d'élite. Les plus faibles communautés ont toujours fait appel, contre espèces sonnantes et trébuchantes, à ces mercenaires, les Seeds, notamment pour assurer leur propre défense. Cette année, alors qu'une nouvelle promotion s'apprête pour son ultime épreuve, la guerre brûle soudain d'une nouvelle ardeur et l'ombre de la mort a glissé sur ce monde...
Conduites par une cruelle sorcière, les troupes galbadiennes étendent peu à peu leur règne de terreur, menant d'incessantes guerres de conquêtes et répandant la misère partout sur leur passage. Un petit groupe d'amis va alors quitter Balamb Garden pour une quête désespérée, avec le fol espoir d'endiguer cette marée du chaos. Leurs découvertes laissent progressivement entrevoir la trame d'un drame épique... Il est parfois bien difficile de discerner le bien du mal, et les amis des ennemis... Les jeunes Seeds vont vivre une de ces aventures qui changent un homme pour toujours... un monde aussi...