Squall un jeune Seed devait tuer la prêtresse incarnation du mal à Delling City. Edea(dont le pouvoir été sous contrôle d'une sorcière du futur) en réchappa et emprisona l'équipe dans la prison du désert. Grâce à Linoa il purent en réchapper. Mais la menace loin d'être passée car les missiles Galbadien été pointé sur leur fac. Il se séparèrent. Un groupe pour détruire la base des missiles et l'autre pour avertir la BGU.
La base fut détruite et la BGU grâce à une machine oublié put décoller et éviter l'impact. S'ensuivit une course avec Edea qui avait pris le contrôle de la fac de Galbadia. L'affrontement eu lieu et Squall put pénètrer dans la fac et attaquer la sorcière. Il faillir réussir mais n'y arrivèrent pas. Linoa fut enchanté par la sorcière et tomba dans le coma. Squall ne put s'en remettre et décida d'aller à Esthar ville connu pour ses appareil antimagie. Une fois arriver là bas ils durent pour le bien de Linoa être envoyé en orbite sur un sattelite. Une fois dessus Linoa se réveilla et libéra une sorcière au pouvoir terrifiant Adel. La larme Sélénite, phénomène incompréhensible qui consiste à la libération de tous les monstre prisonnier sur la lune et qui converge vers la terre. Linoa fut éjecter dans l'espace et Squall parti à son secour même s'il navaient aucune chance de survie. Miracle il purent rentrer chez eux grâce à l'Hydre, vaisseau perdu dans l'espace par les Esthariens. A leur retour sur terre la situation n'était pas brillante. Le Lunatic pandora s'était annexé à Tears point(appareil pouvant capter la larme Sélénite) et menaçait la survie du monde. En effet Edea libéré du pouvoir qu'elle possèdait et Linoa libéré de l'emprise que Ultimécia(la sorcière venant du futur) avait sur elle, il s'aperçurent qu'Ultimécia s'apprêtait à faire fusionner le présent, le passé et le futur, éradiquant l'espèce humaine.
Après que Squall ai pénétré dans la salle du trône d'Ultimécia on ne connait pas la suite. Squall ni les autres ne sont jamais revenus. On ne sait pas exactement ce qui s'est passé mais Lunatic Pandora s'est écrasé près de Tears point et jamais personne n'a pu y pénétrer. Depuis la vie a repris, Dollet est devenu indépendante, Esthar s'est refaite et Galbadia a fermé ses frontières avec tous les autres pays.
Personne ne sait ce qui s'y passe. Tous les espion envoyé par les pays voisin ne sont jamais revenu. les hypothèse sont qu'un nouveau tyran s'est mis en place et qu'il prépare un projet à grande ampleur...
Cid Cramer vit avec sa femme dans l'orphelinat reconstruit.
En vue des menaces qui pèsent sur la fragile paix du monde, l'industrie de l'armement s'est ultradéveloppée. Nous n'en sommes pas au blaster mais le recherche est plus poussée chaque jour.